5.16 군사정변 이후 국가재건최고회의는 정부 주도의 성장위주 경제정책을 금융 면에서 원활히 뒷받침할 수 있도록 금융제도를 대폭 개편하면서 그 일환으로 「한국은행법」의 제1차 개정을 단행하여 1962년 5월 24일 자로 공포·시행하였다. 동 법에서는 금융정책에 관한 최종책임을 정부로 귀속시키고 한국은행의 외환정책과 외환업무에 관한 권한을 삭제하였으며 한국은행 내부경영에 대한 재무부의 감독권을 강화하였다.
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제1차 개정 한국은행법(1962.5)

1962년 4월 「증권거래법」의 시행으로 증권거래소(대한증권거래소)가 공영제에서 주식회사 형태로 바뀌고 증자를 실시함에 따라 증권거래소 주식을 중심으로 증권투기의 열풍이 가열되었다. 5월 들어 증권투기가 더욱 심화되자 정부는 주식물량의 공급을 늘렸으나 오히려 투기규모만 확대시켜 이른바 ‘증권파동’으로 일컬어지는 결제불이행 사태가 발생했다. 「증권거래법」상 결제이행 책임이 있는 증권거래소가 재무부 장관에게 결제자금 지원을 요청했으며, 많은 논란 끝에 금융통화위원회는 4월 중 50억 환을 대출최고한도로 금융기관의 자금지원을 승인한 데 이어, 5월 30일에 230억 환을 추가로 승인하여 금융기관으로 하여금 증권금융을 지원토록 했다. 그러나 5월 31일 결제 시에 또다시 100억 환의 결제불이행이 발생했으며, 6월 1일 금융통화위원회가 100억 환을 추가로 긴급 지원함으로써 6월 2일에야 사태가 수습되었다.
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증권파동 당시 대한증권거래소

군사정부는 1962년 6월 9일 「긴급통화조치법」을 공포하고 다음 날인 6월 10일 ‘긴급통화조치’를 단행했다. 이 조치는 퇴장자금을 끌어내어 경제개발계획에 필요한 산업자금으로 전환하고, 5·16 군사정변 이후 재정금융 면의 확장정책에 의해 누적된 과잉통화를 흡수하여 인플레이션 요인을 사전에 제거하는 데 그 목적이 있었다. 이 조치로 우리나라 화폐의 호칭단위가 환(圜)에서 원으로 바뀜에 따라 한국은행은 6개 권종의 원표시 신은행권 발행하여 시중에 공급했다.
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긴급통화조치 후 화폐교환 풍경(1962.6)

정부는 금리현실화를 통해 민간저축을 증대시켜 산업자금을 확보하고자 1965년 9월 「이자제한법」을 개정하여 법정이자율 상한을 종래의 연 20%에서 36.5%로 대폭 인상하였다. 한국은행은 이에 발맞춰 9월 30일 금리기능의 회복을 통해 저축을 증대시키고 자금을 합리적으로 배분하기 위한 조치로서 금융기관 여수신금리를 전면적으로 대폭 인상하였다.
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금리현실화 관련 김세련 총재 논고 초안(1965.7)

한국경제의 고도성장을 뒷받침하기 위해 한국은행과 정부는 특수은행 및 지방은행 등 금융기관의 신설을 적극 추진했다. 1967년 1월에는 한국은행의 출자로 한국외환은행을 설립하여 한국은행이 담당하던 외환업무, 수출입업무 등 대민간업무를 이관하였다. 또한 지역경제개발을 도모하기 위해 1967년 10월 대구은행과 부산은행을 필두로 전국적으로 지방은행들이 설립되었다.
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한국외환은행 발족 조인식(1967.1)

한국은행은 경제개발계획의 원활한 추진을 뒷받침하기 위해 무역금융제도, 상업어음 재할인제도 등을 산업정책 차원의 금융지원수단으로 활용하였다. 수출주도형 성장을 지원하는 한편 신용도와 담보여력이 부족한 중소기업의 자금조달 애로를 덜어줄 수 있도록 ‘중소기업대출 의무비율제도’도 도입하였다. 1970년 2월에는 우량기업에 대해 자동적으로 대출을 보장하는 '신용공여한도제(credit line)'를 도입하였다.
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우량기업에 대한 신용공여한도제 도입(1970.2)